Có hai phương pháp khử trùng thường được sử dụng:
(1) Khử trùng bằng hơi nước: Bộ dụng cụ phẫu thuật y tế được đặt trong máy tiệt trùng hơi nước áp suất cao ở nhiệt độ 120 ℃, 2 atm và khử trùng bằng hơi nước bão hòa trong 1 giờ. Nếu không có thiết bị nồi hấp thì dùng nồi hấp thông thường. Cho bộ dụng cụ phẫu thuật y tế vào lồng, đậy nắp kín, đun tiếp trong 2 giờ sau khi nước sôi. Để xác minh xem nó có đáp ứng các yêu cầu khử trùng hay không, hãy lắc một ít bột lưu huỳnh hoặc phèn chua, cho vào một cái lọ nhỏ và bọc nó trong túi. Sau khi khử trùng, các tinh thể nước sulfon hóa hoặc bột phèn biến thành chất lỏng màu trắng sữa để đáp ứng các yêu cầu khử trùng.
Bộ dụng cụ phẫu thuật y tế đã được tiệt trùng nên đặt cạnh bếp hoặc phơi khô dưới ánh nắng mặt trời để sử dụng sau. Trong quá trình phẫu thuật, mở túi lớn trên bàn dụng cụ, đặt các dụng cụ cùn trong túi nhỏ vào, lấy các dụng cụ trong chất khử trùng ra, rửa sạch bằng nước muối sinh lý, sau khi sấy khô mới đeo vào và sắp xếp ngay ngắn.
(2) Khử trùng bằng nước sôi: Đây là phương pháp khử trùng thường được sử dụng cho dụng cụ kim loại, dụng cụ thủy tinh và sợi tơ. Các dụng cụ trong bộ dụng cụ phẫu thuật y tế nhỏ dành cho bệnh đục thủy tinh thể cũng có thể được khử trùng bằng phương pháp này, đặc biệt là đối với một số ca phẫu thuật liên tiếp. Số lượng dụng cụ cùn có hạn và không thể chia thành nhiều gói để khử trùng bằng hơi nước trước mà có thể đun sôi tạm thời để khử trùng. Chà sạch dầu mỡ hoặc vết máu trên dụng cụ, cho vào máy tiệt trùng, nhúng vào nước và đun sôi trong 10-15 phút. Một hoặc hai dụng cụ được sử dụng khẩn cấp trong quá trình phẫu thuật có thể được sử dụng sau khi đun sôi 5 phút. Nếu thiết bị bị nhiễm bẩn, tốt nhất nên đun sôi hơn 1 giờ. Nếu natri bicacbonat được thêm vào nước sôi để tạo dung dịch kiềm 2%, nhiệt độ sôi của nước có thể tăng lên 105°C, tỷ lệ tử vong của vi khuẩn có thể tăng lên và thiết bị kim loại có thể được bảo vệ khỏi rỉ sét. Các dụng cụ đã được đun sôi và khử trùng phải được lấy ra ngay, không nên để lâu trong nước để tránh rỉ sét. Thời gian đun sôi bắt đầu sau khi nước sôi. Ở các khu vực cao nguyên, áp suất không khí thấp và nhiệt độ sôi thấp. Nó nên được tính toán theo độ cao và thời gian khử trùng nên được kéo dài thêm 2 phút cho mỗi lần tăng 300 mét.